Το κεντρικό κομμάτι της παραλίας της Ερμούπολης ήταν μία αμμώδης περιοχή και γι’ αυτό τα ιστιοφόρα αγκυροβολούσαν μακριά από την ακτή. Το 1883 η Ελληνική Ατμοπλοΐα ανέλαβε την εκβάθυνση της ακτής. Με τον τρόπο αυτό, το λιμάνι έγινε πλέον ασφαλές και λειτουργικό, ώστε να υποδέχεται σκάφη, ελληνικά και ξένα. Επιπρόσθετες εργασίες ισοπέδωσης έλαβαν χώρα το 1855, προκειμένου να χτιστεί το Τελωνείο, δίπλα στις Αποθήκες. Το ναυπηγείο, τέλος, μεταφέρθηκε το 1870 στην περιοχή «Ταρσανάς» και στη νέα αυτή περιοχή («Νέο Ναυπηγείο») σκαρώθηκαν σκάφη διαφόρων τύπων, έως την περίοδο του μεσοπολέμου.
Το Νεώριο της Σύρου ιδρύθηκε τον Απρίλιο του 1861 από την πρώτη Ατμοπλοϊκή Εταιρεία. Αποτελεί τη μεγαλύτερη βιομηχανική μονάδα της Ερμούπολης και ένα από τα παλαιότερα μηχανουργεία της Ελλάδας. Το ναυπηγείο δημιουργήθηκε στη θέση του παλαιού λοιμοκαθαρτηρίου, που κατεδαφίστηκε στα 1857-58. Από τις επιχωματώσεις του όρμου καλύφθηκε και μέρος του όρμου που χρησιμοποιήθηκε ως χώρος επισκευών ξύλινων σκαριών (Καρνάγιο) από τα μέσα του 19ου αι.
