β. Η υποταγή της Εκκλησίας της Ελλάδας στην πολιτική εξουσία

Την ίδια εποχή (19ος αιώνας) στην Ευρώπη εξαπλώνεται η ιδέα για τη δημιουργία εθνικών κρατών. Εκεί το γεγονός αυτό έθεσε σε νέες βάσεις τις σχέσεις Εκκλησίας-Κράτους, οδηγώντας πολλές φορές την πρώτη σε υποταγή στην κρατική εξουσία. Όταν ο ανήλικος ρωμαιοκαθολικός βασιλιάς Όθωνας με τους προτεστάντες αντιβασιλείς του ήρθαν στην Ελλάδα το 1833, αντιμετώπισαν την Εκκλησία ως υφιστάμενο τμήμα του Κράτους με πρότυπο την κατάσταση που επικρατούσε στη Βαυαρία. Είχαν την άποψη ότι η ελλαδική Εκκλησία έπρεπε να είναι εθνική, άρα ανεξάρτητη από τον Πατριάρχη, να κυβερνάται από Σύνοδο Επισκόπων επιλεγμένων από το βασιλιά και να τεθεί κάτω από τον έλεγχο της Πολιτείας.

Ο αντιβασιλέας και υπουργός των εκκλησιαστικών, Μάουρερ, εξέδωσε διατάγματα με τα οποία συντελέστηκε σταδιακή υποδούλωση της Εκκλησίας στην κοσμική εξουσία. Ως υπουργός, ο Μάουρερ εξασφάλισε με νόμο τη δυνατότητα να συγκαλεί σύνοδο και εκεί μεθόδευσε το θέμα του χωρισμού της Εκκλησίας της Ελλάδας από το Οικουμενικό Πατριαρχείο. Πολύτιμος βοηθός του στο έργο αυτό και πρωτεργάτης στη διαμόρφωση των εκκλησιαστικών πραγμάτων υπήρξε ένας εκκλησιαστικός άνδρας της εποχής, ο Θεόκλητος Φαρμακίδης. Ο Φαρμακίδης, σπουδασμένος στην Ευρώπη συμφωνούσε με τις αντιλήψεις περί εθνικής Εκκλησίας ανεξάρτητης από το Πατριαρχείο. Στο ακριβώς αντίθετο άκρο, η άλλη μεγάλη προσωπικότητα αυτής της περιόδου, ο ιερέας, ρήτορας και συγγραφέας Κωνσταντίνος Οικονόμος πολέμησε με το λόγο και την πέννα του το χωρισμό της Εκκλησίας της Ελλάδας από το Πατριαρχείο. Ο χωρισμός αυτός τελικά υπογράφηκε το 1833 από 22 ιεράρχες στη Σύνοδο του Ναυπλίου. Από αυτούς οι περισσότεροι προέρχονταν από υπόδουλες στους Οθωμανούς περιοχές και όχι από ελλαδικές (δεν υπήρχε δηλαδή σωστή αντιπροσώπευση των περιοχών της ελεύθερης Ελλάδας). Έτσι η Εκκλησία της Ελλάδας αποκόπηκε πραξικοπηματικά από το Οικουμενικό Πατριαρχείο.

Ο Πατριάρχης αντέδρασε και μόνο χάρη στην παρέμβαση του Τσάρου της Ρωσίας δεν αφόρισε την ελλαδική Εκκλησία. Αργότερα κι άλλες εθνικές Εκκλησίες στα Βαλκάνια (σερβική, βουλγαρική) θα μιμηθούν το παράδειγμα της Ελλάδας και θα κηρυχθούν αυτοκέφαλες.