β. Εξισλαμισμός και νεομάρτυρες

Οι Οθωμανοί, λόγω θρησκευτικού φανατισμού αλλά και για λόγους κυριαρχίας συχνά εξισλάμιζαν βίαια τους υπόδουλους. Αλλά και κάποιοι χριστιανοί στις ορθόδοξες κοινότητες της Βαλκανικής και της Μικράς Ασίας άλλαζαν πίστη, προκειμένου να ανέλθουν κοινωνικά και οικονομικά. Άλλοι ασπάζονταν επιφανειακά το Ισλάμ, ενώ κρυφά συνέχιζαν την ορθόδοξη πίστη και ζωή ως κρυπτοχριστιανοί. Η θέση τους ήταν εξαιρετικά δύσκολη, γι' αυτό και η Εκκλησία τους αντιμετώπισε με κατανόηση. Όταν όμως η κρυφή τους πίστη γινόταν φανερή, κατέληγαν στο μαρτύριο και στο θάνατο. Έτσι εμφανίστηκαν οι νεομάρτυρες (μάρτυρες των νεότερων χρόνων), οι οποίοι προέρχονταν από τους κρυπτοχριστιανούς αλλά και από όσους άντρες και γυναίκες φανερά ομολογούσαν την πίστη τους. Η στάση τους απέναντι στο θάνατο θυμίζει τη στάση των πρώτων μαρτύρων και είχε μεγάλη απήχηση στη λαϊκή συνείδηση. Ο άγιος Νικόδημος ο Αγιορείτης συγκέντρωσε και διέσωσε τους βίους και το μαρτύριό τους στο βιβλίο του "Νέον Μαρτυρολόγιον" .

Από τις τάξεις του κλήρου προέρχονται και πολλοί εθνομάρτυρες. Ονομάζονται έτσι, εκτός από τους λαϊκούς αγωνιστές, και όσοι κληρικοί πριν, κατά τη διάρκεια αλλά και μετά από την επανάσταση του 1821, θυσίασαν τη ζωή τους για την πατρίδα, συμμετέχοντας σε πολεμικές συγκρούσεις (Αθανάσιος Διάκος, Παπαφλέσσας, Ησαΐας Σαλώνων κ.ά.). Η απόφασή τους να χρησιμοποιήσουν όπλα κατά συνανθρώπων τους ήταν εξαιρετικά δύσκολη, γιατί ως χριστιανοί και μάλιστα κληρικοί δεν επιτρεπόταν να διαπράξουν φόνο. Η Εκκλησία αντιμετώπισε με συγκατάβαση και ανοχή την συμπεριφορά τους, γιατί διακινδύνευσαν να χάσουν την ψυχή τους προκειμένου να υπερασπιστούν τα ιερά και τα όσια του λαού τους και να υπηρετήσουν αξίες όπως η αυτοδιάθεση των λαών και ελευθερία.