3. Τα γεγονότα κατά την περίοδο 1841-1866. Το κίνημα του Μαυρογένη

Η επαναφορά της Κρήτης στη σουλτανική εξουσία (Ιανουάριος 1841), δεν μετέβαλε τις βασικές αρχές της εσωτερικής διοίκησης του νησιού. Κάποιος επαναστατικός αναβρασμός σημειώθηκε το 1848, με αφορμή τα φιλελεύθερα κινήματα στην Ευρώπη το έτος εκείνο, αλλά οι συνθήκες δεν επέτρεπαν τώρα την έκρηξη νέας επανάστασης. Για λόγους στρατιωτικούς πάντως, ο σουλτάνος μετέφερε την πρωτεύουσα της Κρήτης από το Ηράκλειο στα Χανιά (1850), ώστε να βρίσκεται κοντά στο μεγάλο λιμάνι της Σούδας και στους στόλους των Μ. Δυνάμεων. Σημαντικός σταθμός στις ιστορικές εξελίξεις υπήρξε ο Κριμαϊκός Πόλεμος (1853-1856). Με τη Συνθήκη των Παρισίων (1856) ο σουλτάνος υποχρεώθηκε να εκδώσει το περίφημο Χάττι Χουμαγιούν (Αυτοκρατορική Γραφή), με το οποίο παραχωρούσε για πρώτη φορά σημαντικά προνόμια στους χριστιανούς υπηκόους του (ανεξιθρησκία, προσωπική ελευθερία, εξασφάλιση της ιδιοκτησίας και της τιμής). Η άρνηση των τουρκικών αρχών της Κρήτης να εφαρμόσουν και στο νησί τις διατάξεις του Χάττι Χουμαγιούν οδήγησε σε νέα επαναστατική ενέργεια, που είναι γνωστή ως «Κίνημα του Μαυρογένη», από το όνομα του Χανιώτη οπλαρχηγού Εμμανουήλ Μαυρογένη (14 Μαΐου 1858). Ο φόβος για μια νέα επανάσταση, σε περίοδο που η Τουρκία ήταν διεθνώς ταπεινωμένη, ανάγκασε τον σουλτάνο να διαπραγματευτεί με τους αρχηγούς των Κρητών. Στις 7 Ιουλίου 1858 εκδόθηκε σουλτανικό φιρμάνι με το οποίο παραχωρούνταν στους χριστιανούς της Κρήτης προνόμια θρησκευτικά, διοικητικά, φορολογικά και δικαστικά, καθώς επίσης και το δικαίωμα της οπλοφορίας. Ακόμη, παραχωρήθηκε το προνόμιο της οργάνωσης των χριστιανικών Δημογεροντιών, θεσμού μεγάλης σημασίας για την εσωτερική οργάνωση και τη ζωή των χριστιανικών κοινοτήτων. Οι Δημογεροντίες ανέλαβαν το σημαντικό έργο της κοινωνικής πρόνοιας και της παιδείας, με την ίδρυση νοσοκομείων και σχολείων. Κατά την επόμενη δεκαετία, ως την έκρηξη της μεγάλης επανάστασης του 1866, η αγγλική προπαγάνδα προσπάθησε να καλλιεργήσει στην Κρήτη την ιδέα της δημιουργίας ενός «νησιωτικού ελληνικού κράτους», υπό αγγλική προστασία. Είναι η κίνηση των λεγόμενων «αντεπαναστατών», τους οποίους υποστήριζε και υποκινούσε ο Άγγλος Πρόξενος στα Χανιά Henry Ongley. Η ιδέα δεν βρήκε πρόσφορο έδαφος, καθώς προσέκρουσε στην καθολική αποδοκιμασία των Κρητών και οι ελάχιστοι υποστηρικτές της απομονώθηκαν ως προδότες της εθνικής ιδέας και διακωμωδήθηκαν με λαϊκές σάτιρες.